ВНИИЭиН проводит научные исследования по экономическим проблемам развития АПК в соответствии с Программой фундаментальных и приоритетных прикладных исследований по научному обеспечению развития агропромышленного комплекса Российской Федерации.

Основными направлениями научных исследований института являются:

• научные основы региональной аграрной политики;
• планирование социально-экономического развития регионов, предприятий;
• функционирование аграрных рынков;
• научные основы управления АПК и системы информационного обеспечения;
• социальное развитие села, формирование и использование трудовых ресурсов.

Исследования проводятся в сельских районах, краях, областях и республиках Южного Федерального округа и других регионов Российской Федерации. Объектами исследований являются сельхозтоваропроизводители, перерабатывающие предприятия различных организационно-правовых форм хозяйствования и собственности, сельские сообщества, органы управления агропромышленного комплекса, предприятия и организации кредитно-финансовой сферы, а также экономические процессы, протекающие в агропромышленном производстве Российской Федерации, социально-трудовой сфере села.

Все научные разработки рассматриваются на заседаниях Ученого Совета института и его методической комиссии. Научные и методологические подходы, результаты исследований докладываются на заседаниях Президиума, бюро Отделения экономики и земельных отношений, Научно-методических советах Российской академии сельскохозяйственных наук, международных, всероссийских, межрегиональных конференциях, совещаниях, семинарах.